在心理学领域，霍尔也迎来了自己事业上的巅峰，他开办了约翰·霍普金大学的心理学系和心理学实验室，还创办了《美国心理学杂志》，成为美国心理学会的组织者，收入可观。
到了1884年，霍尔接到了一份邀请，来自波士顿的克拉克大学邀请他出任校长。
这所大学当时刚刚成立，是一位名叫克拉克的富商花了一百万美元建立起来的。当霍尔来到这里后，发现所谓的克拉克大学只是一家“皮包公司”，既没有校园，也没有老师、学生，自己这位校长其实是个光杆司令。
为了尽快让大学投入运营，克拉克多方奔走，寻找优秀的学者作为大学的教授。他的工作颇有建树，到了1889年，克拉克大学正式开办，拥有五个系——数学系、化学系、生物系、物理学系和心理学系。
克拉克拥有多达2000万美元的资产，但是他还是不了解办一所大学需要多么庞大的资金，自己手头这点钱几乎全部都砸到了大学里。一个富翁很快就变穷了。屋漏偏逢连阴雨，正当大学进入正轨之际，媒体又爆出了克拉克大学“虐待动物”的丑闻，险些使这所刚刚诞生的学府夭折。
作为克拉克大学的功勋元老，霍尔在大学成立后的第一年，便患上了白喉病。患病期间，他的儿子和妻子又死于车祸。而与此同时，大学的投资人克拉克也不愿意继续往这个无底洞里投钱了，克拉克大学随时有倒闭的危险。超过一半的教授离开了学校。